Լուիջի Ռիկարդի 1 , Ռոզա Մացզեո 2,*©, Անջելո Ռաffaele Marcotrigiano 1 , Գուլիելմո Ռայնալդի 3 , Պաոլո Իովիենո 4 , Վիտո Զոննո 1 , Ստեֆանո Պավան 1© և Concetta Lotti 2,*
- 1 Հողի, բույսերի և սննդի գիտությունների բաժին, Բույսերի գենետիկայի և բուծման բաժին, Բարիի համալսարան, Via Amendola 165/A, 70125 Բարի, Իտալիա; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ARM); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Գյուղատնտեսության, սննդի և շրջակա միջավայրի գիտությունների բաժին, Ֆոջայի համալսարան, Via Napoli 25, 71122 Ֆոջա, Իտալիա
- 3 Կենսագիտության, կենսատեխնոլոգիաների և կենսադեղագործության բաժին, Բարիի համալսարան, Via Orabona 4, 70125 Բարի, Իտալիա; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Էներգետիկ տեխնոլոգիաների բաժին, Կենսաէներգիայի, Կենսամշակման և Կանաչ քիմիայի բաժին, ENEA Trisaia հետազոտական կենտրոն, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Իտալիա; paolo.iovieno@enea.it
* Նամակագրություն. rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Համառոտ նկարագիր:
Սոխ (Allium cepa L.) աշխարհում երկրորդ ամենակարևոր բանջարաբոստանային մշակաբույսն է և լայնորեն գնահատվում է իր առողջապահական օգուտների համար: Չնայած իր նշանակալի տնտեսական կարևորությանը և որպես ֆունկցիոնալ սննդի արժեքին, սոխը վատ է ուսումնասիրվել իր գենետիկական բազմազանության առումով: Այստեղ մենք ուսումնասիրեցինք «Acquaviva կարմիր սոխի» (ARO) գենետիկական տատանումները, որը ցեղատեսակի մշակման դարավոր պատմություն ունի Բարի գավառի փոքր քաղաքում (Ապուլիա, Իտալիայի հարավ): 11 միկրոարբանյակային մարկերների հավաքածուն օգտագործվել է գենետիկական տատանումները հետազոտելու համար 13 ARO պոպուլյացիաներից և երեք ընդհանուր առևտրային տեսակներից բաղկացած գերմպլազմայի հավաքածուում: Գենետիկական կառուցվածքի վերլուծությունները պարամետրային և ոչ պարամետրիկ մեթոդներով ընդգծեցին, որ ARO-ն իրենից ներկայացնում է լավ սահմանված գենոֆոնդ, որը հստակորեն տարբերվում է Tropea և Montoro լանդշաֆտներից, որոնց հետ այն հաճախ սխալվում է: Սովորաբար թարմ սպառման համար օգտագործվող լամպերի նկարագրությունը տրամադրելու համար գնահատվել է լուծելի պինդ պարունակությունը և կծու պարունակությունը՝ ցույց տալով ARO-ում ավելի բարձր քաղցրություն վերը նշված երկու լանդշաֆտների նկատմամբ: Ընդհանուր առմամբ, ներկա ուսումնասիրությունը օգտակար է ARO-ի ապագա արժեքավորման համար, որը կարող է խթանվել որակի պիտակների միջոցով, որոնք կարող են նպաստել առևտրային խարդախությունների սահմանափակմանը և փոքր սեփականատերերի եկամուտների բարելավմանը:
ներածություն
Allium ցեղը ներառում է մոտ 750 տեսակ [1], որոնցից ամենատարածվածներից է սոխը (Allium cepa L., 2n = 2x =16)։ A. cepa-ն ունի երկամյա ցիկլ և վերարտադրողական վարքագիծ: Մեր օրերում սոխի համաշխարհային արտադրությունը (97.9 Mt) այն դարձնում է երկրորդ ամենակարևոր բանջարաբոստանային մշակաբույսը լոլիկից հետո [2]։ Հին ժամանակներից սոխի սոխուկը օգտագործվել է ինչպես սննդի, այնպես էլ ժողովրդական բժշկության մեջ: Իրոք, հին եգիպտացիներն արդեն հայտնել են մի քանի թերապևտիկ բանաձևեր, որոնք հիմնված են սխտորի և սոխի օգտագործման վրա մ.թ.ա 1550 թվականի բժշկական պապիրուսում՝ Codex Ebers-ում [3]:
Այս բազմակողմանի և առողջարար բանջարեղենը սպառվում է հում, թարմ կամ որպես վերամշակված արտադրանք և օգտագործվում է շատ ուտեստների համը բարձրացնելու համար: Վերջերս մի քանի ուսումնասիրություններ պնդում են, որ սոխի օգտագործումը կարող է նվազեցնել սրտանոթային հիվանդությունների [4,5], գիրության [6], շաքարախտի [7] և քաղցկեղի տարբեր ձևերի ռիսկը [8–10]: Սոխի առողջարար հատկությունները հաճախ վերագրվում են սննդամթերքի երկու դասի միացությունների՝ ֆլավոնոիդների և ալկ(են)իլ ցիստեին սուլֆօքսիդների (ACSOs) բարձր մակարդակներին: Առաջին դասը ներառում է ֆլավոնոլներ և անտոցիաններ: Կվերցետինը հիմնական հայտնաբերվող ֆլավոնոլն է, որը հայտնի է իր ուժեղ հակաօքսիդանտ և հակաբորբոքային հատկություններով ազատ ռադիկալների մաքրման և անցումային մետաղների իոնների կապակցման գործում: [11]; մինչդեռ անտոցիանները կարմիր/մանուշակագույն գույն են հաղորդում սոխի որոշ տեսակների: Ինչ վերաբերում է ACSO-ներին, ապա ամենաշատը իզոալիինն է [(+)-trans-S-1-propenyl-L-cysteine sulfoxide]: [12]բջիջներում պահվող ոչ ցնդող և ոչ սպիտակուցային ծծմբային ամինաթթու, որն անուղղակիորեն պատասխանատու է սոխի սուր բույրի և համի համար։ [13]. Հյուսվածքի խախտման դեպքում իզոալիինը ճեղքվում է ալիինազ ֆերմենտի կողմից՝ առաջացնելով մի շարք ցնդող միացություններ (պիրուվատ, ամոնիակ, թիոսուլֆոնատներ և պրոպանեթիալ S-օքսիդ), որոնք առաջացնում են պատռվածք և առաջացնում տհաճ հոտ (կծություն): [14]. Սոխի կծու խտությունը հաճախ չափվում է որպես հիդրոլիզի արդյունքում առաջացած պիրուվիկ թթվի մեկ գրամ թարմ քաշի քանակությունը: [15, 16].
Միջերկրական ծովի ավազանի երկրներում առաջարկվում է որպես երկրորդական բազմազանության կենտրոններից մեկը A. cepa [17, 18], սոխի լամպերը լայն փոփոխականություն են ցուցաբերում ձևի, չափի, գույնի, չոր նյութի և կծու մեջ [19-22]. Ավելին, ծծմբի վրա հիմնված պարարտացումը, ագրոնոմիական գործելակերպը, հողի տեսակը, կլիմայական պայմանները և սորտերի կամ ցեղատեսակների գենոտիպը կարող են ազդել լամպի որակի վրա՝ տալով յուրահատուկ օրգանոլեպտիկ և սննդային արժեքներ։ [23-27]. Իտալիայում, չնայած սոխի գերմպլազմայի լայն հասանելիությանը, սոխի միայն մի քանի տեսակներ են հաճախ ենթարկվում գիտական ուսումնասիրությունների և պատշաճ կերպով բնութագրվում [28, 29].
Ագրոկենսաբազմազանության մանրակրկիտ գենետիկական և ֆենոտիպային բնութագրումը կարևոր է բույսերի գենետիկական ռեսուրսների պատշաճ պահպանումն ապահովելու և արժեքային շղթայում հատուկ գենոտիպերի օգտագործումը խթանելու համար: [30-32]. Քարտեզագրման համար հաճախ ընտրվել են պարզ հաջորդականության կրկնվող (SSR) մարկերներ [33-35], ԴՆԹ մատնահետքեր և սորտերի խտրականություն [36-38]և գենետիկական փոփոխականության հուսալի գնահատում լանդշաֆտների ներսում և դրանց միջև [39-42], քանի որ դրանք տեղային հատուկ են, բազմաալելային, համադոմինանտորեն ժառանգվող, բարձր վերարտադրելի և հարմար են ավտոմատացված գենոտիպավորման համար:
Սույն ուսումնասիրության մեջ մենք մեր ուշադրությունը կենտրոնացրել ենք ապուլիայի ավանդական լանդշաֆտի՝ «Acquaviva կարմիր սոխի» (ARO) վրա, որը մշակվում է օրգանական գյուղատնտեսության մեթոդներով Բարի գավառում գտնվող Ակվավիվա դելլե Ֆոնտի քաղաքի մի փոքր տարածքում: (Ապուլիա, Հարավային Իտալիա): Այս լանդշաֆտի լամպերը մեծ են, հարթեցված և կարմիր գույնի, և հիմնականում օգտագործվում են տեղական բաղադրատոմսերում: Չնայած ARO-ն ստացել է «Slow Food Presidium» որակի նշանը, դրա արտադրությունը կարող է հետագայում խթանվել և պաշտպանվել Եվրոպական միության որակի նշաններով, ինչպիսիք են պաշտպանված աշխարհագրական նշումը (PGI) և պաշտպանված ծագման անվանումը (POD), քանի որ դրանք կարող են նպաստել սահմանափակմանը: առևտրային խարդախություններ և բարելավել փոքր սեփականատերերի եկամուտները: Այստեղ SSR-ի մոլեկուլային մարկերները օգտագործվել են որպես հզոր գործիքներ՝ գնահատելու գենետիկական տատանումները ARO պոպուլյացիաների միջև և տարբերակելու այս լանդշաֆտը հարավային իտալական կարմիր սոխի մյուս երկու ցեղատեսակներից: Ավելին, մենք գնահատել ենք կծու և լուծվող պինդ պարունակությունը, որպեսզի գնահատենք ARO-ի համը շուկայական պահանջարկի հետ կապված:
Արդյունքներ
Acquaviva Կարմիր սոխի գերմպլազմայի հավաքածուի և մորֆոլոգիական բնութագրման ստեղծում
ARO լանդշաֆտի 13 պոպուլյացիայի սերմերը, որոնք նվիրաբերվել են ֆերմերների կողմից BiodiverSO Apulia Region ծրագրի շրջանակներում, օգտագործվել են ARO գերմպլազմայի հավաքածու ստեղծելու համար:
Ձևաբանական նկարագրիչներ՝ կապված լամպի, մաշկի և մսի հետ, հավաքվել են ARO գերմպլազմայի և սոխի երեք լանդշաֆտի վրա, որոնցից երկուսը պատկանում են «Tropea red onion» (TRO) և մեկը «Montoro պղնձի սոխ» (MCO) լանդշային (Նկար: 1). Բոլոր ARO լամպերը հարթ էին և բնութագրվում էին կարմիր արտաքին մաշկով և մսով, կարմիրի տարբեր երանգներով: Ի հակադրություն, TRO լամպերի մարմինը լիովին կարմիր էր, մինչդեռ MCO լամպերի մարմինը վատ պիգմենտավորված էր (Աղյուսակ S1): Կենսաքիմիական անալիզը թույլ տվեց գնահատել պինդ լուծելի պարունակությունը և կծուությունը: Ինչպես հաղորդվում է Աղյուսակում 1, ARO պոպուլյացիաներում լամպերի պինդ լուծելի պարունակության միջին արժեքները եղել են 7.60 և տատանվել են 6.00 (ARO12) մինչև 9.50° Brix (ARO11 և ARO13): Այս արժեքը ավելի բարձր էր, քան գնահատվածը TRO և MCO լանդշաֆտների համար (4.25 և 6.00° Brix, համապատասխանաբար):
Աղյուսակ 1. Լուծվող պինդ պարունակության և կծու արժեքները գնահատվել են «Acquaviva Red Onion» (ARO), «Tropea Red Onion» (TRO) և «Montoro Copper Onion» (MCO) բնակչության մեջ *:
ԿՈԴԸ | Լուծվող պինդ պարունակություն (Brix) | Դաժանություն (pբորբոս-1 FW) | ||
Միջինը | CV y (%) | Միջինը | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC- ը | 4.87 | 6.51 է | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BCD | 9.42 | 5.28 աբ | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.97 է | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.80 է | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 աբ | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC- ը | 4.87 | 5.25 աբ | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB- ն | 0.00 | 7.04 է | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 է | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC- ը | 0.00 | 5.94 աբ | 6.57 |
ARO11 | The 9.50 | 7.44 | 5.54 աբ | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 աբ | 9.70 |
ARO13 | The 9.50 | 7.44 | 6.63 է | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 աբ | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 բ | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 աբ | 4.79 |
* Մեծատառով կամ փոքրատառով նույն տառերով միջինները վիճակագրորեն տարբեր չեն համապատասխանաբար 0.01P կամ 0.05P-ում (SNK's Test): y Տատանումների գործակից.
ARO կծու միջին արժեքը, որը գնահատվել է պիրուվիթթվի պարունակության միջոցով, եղել է 6.00, տատանվում է 4.51 մմոլ գ-ից:-1 FW (ARO6) մինչև 7.04 (ARO8): Այս արժեքը ավելի բարձր էր, քան գնահատվածը TRO և MCO լանդշաֆտներում (3.54 pmol g-1 FW և 4.18 pmol g-1 FW, համապատասխանաբար):
ԽՍՀ պոլիմորֆիզմը և գենետիկական կապերը միացումների միջև
Սույն ուսումնասիրության մեջ 11 փորձարկված SSR այբբենարանի համակցություններից 37-ը տրամադրել են միակողմանի պոլիմորֆիզմներ, այսինքն՝ առավելագույնը երկու ուժեղացման արտադրանք մեկ անհատի մեջ: Ընդհանուր առմամբ, 55 անհատների մոտ հայտնաբերվել է 320 ալել՝ մեկ տեղանքում ալելների քանակով՝ 2-ից (ACM147 և ACM 504) մինչև 11 (ACM132) և 5 ալելների միջին արժեքով (Աղյուսակ: 2). Առանձին պոպուլյացիաներում ալելների (Na) թիվը տատանվում էր 1.94-ից (ACM147 և ACM504) մինչև 5.38 (ACM132), մինչդեռ ալելների արդյունավետ թիվը (Ne) տատանվում էր 1.41-ից (ACM152) մինչև 2.82 (ACM449): Անհամապատասխանություններ Na-ի և Ne-ի արժեքների միջև պայմանավորված են պոպուլյացիաներում ցածր հաճախականությամբ ալելների առկայությամբ և միայն մի քանի ալելների գերակշռությամբ: Դիտարկված հետերոզիգոտության (Ho) ամենաբարձր արժեքը ընդգծվել է ACM138-ի և ACM449-ի համար (0.62), մինչդեռ ամենացածրը կապված է ACM152-ի հետ (0.25): Ակնկալվող հետերոզիգոտությունը (He), որը համապատասխանում է պանկմիկական պոպուլյացիայի տեսական ակնկալիքին, տատանվում էր 0.37-ից (ACM504) մինչև 0.61 (ACM132, ACM138 և ACM449): Wright-ի ամրագրման ինդեքսը (Fis), ցուցադրում է զրոյին մոտ արժեքներ (միջին 0.05) բոլոր մարկերների համար՝ ցույց տալով նման արժեքներ դիտարկված և սպասվող հետերոզիգոտության մակարդակների միջև, ինչպես ակնկալվում է արտահատված տեսակների համար: Առանձին SSR մարկերի արդյունավետությունը գենետիկական մատնահետքերում գնահատվել է պոլիմորֆ տեղեկատվական բովանդակության (PIC) ինդեքսով, միջին արժեքով 0.48 և տատանվում է 0.33 (ACM504)-ից մինչև 0.67 (ACM132): Արդյունավետության մեկ այլ ինդեքս՝ Շանոնի տեղեկատվական ինդեքսը (I) ցուցադրում էր 0.84 միջին արժեքը, իսկ ենթադրյալ արժեքները տատանվում էին 0.45-ից (ACM152) մինչև 1.20 (ACM132):
Աղյուսակ 2. ARO, TRO և MCO պոպուլյացիաներում գենետիկական բազմազանությունը գնահատելու համար օգտագործվող 11 SSR մարկերների պոլիմորֆիզմի առանձնահատկությունները: Ալելների ընդհանուր թիվը (Na), ժապավենի չափի միջակայքը և պոլիմորֆ տեղեկատվական բովանդակության (PIC) ինդեքսը վերաբերում է այս հետազոտության մեջ գենոտիպավորված 320 անհատների ընդհանուր հավաքածուին: Ալելների թիվը (Na), Արդյունավետ ալելների քանակը (Ne), Դիտարկված հետերոզիգոզություն (Ho), Ակնկալվող հետերոզիգոզություն (He), Ֆիքսացիայի ինդեքս (F):is), և Շենոնի տեղեկատվական ինդեքսը (I) վերաբերում է միջին արժեքներին, որոնք հաշվարկված են 16 բնակչությունից, որոնցից յուրաքանչյուրը կազմված է 20 անհատի կողմից:
Լոկուս. | Ընդհանուր Na | Չափի միջակայք (bp) | PIC | Միջինը | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | 0.02 - |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | 0.01 - |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | 0.06 - |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | 0.03 - |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Միջինը | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Պոպուլյացիաների մեջ ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 և MCO-ն ցուցադրել են գենետիկական տատանումների բարձր մակարդակ (Ho > 0.5), մինչդեռ ամենացածր բազմազանությունը նկատվել է ARO7 պոպուլյացիայի մեջ (Ho = 0.27) (Լրացուցիչ աղյուսակ S2): Ընդհանուր առմամբ, բոլոր միացումները ցուցադրել են Ֆis զրոյին մոտ արժեքներ (Fis միջին արժեքը = 0.054), ինչպես և սպասվում էր պատահական զուգավորման պայմաններում:
Մոլեկուլային տարբերության և գենետիկ կառուցվածքի վերլուծություն
Պոպուլյացիաների միջև և ներսում գենետիկական տատանումների հիերարխիկ բաժանումը հաշվարկվել է AMOVA-ի կողմից: Արդյունքները ցույց տվեցին պոպուլյացիաների ներսում գենետիկական տատանումների զգալի մասը (87%): Պոպուլյացիաների միջև տատանումները՝ 13%, խիստ նշանակալի էին (P < 0.001) (Աղյուսակ 3). Fpt պարամետրի զույգ արժեքները, որը նման է Wright-ի Fst ամրագրման ինդեքսին, տատանվում է 0.002-ից (ARO2/ARO10) մինչև 0.468 (ARO7/TRO2):P < 0.05), բացառությամբ ինը զույգ համեմատությունների (Լրացուցիչ աղյուսակ S3):
Աղյուսակ 3. 320 պոպուլյացիաներից 16 գենոտիպերի մոլեկուլային տատանումների վերլուծություն allium cepa L.
Աղբյուր | df | Քառակուսիների գումար | Տարբերության գնահատում | Տարբերություն (%) | Fpt | P |
Բնակչությունների շրջանում | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Բնակչության շրջանակներում | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Ընդհանուր | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Գենետիկական կառուցվածքի ուսումնասիրություն A. cepa Այս հետազոտության մեջ գենոտիպավորված հավաքածուն իրականացվել է խառնուրդի մոդելի վրա հիմնված կլաստերի վերլուծության միջոցով, որն իրականացվել է ծրագրային կառուցվածքի կառուցվածքում: Evanno AK մեթոդը առաջարկել է ենթաբաժանում երկու կլաստերներում (K = 2) որպես առավել տեղեկատվական տվյալների շտեմարան,թe հաջորդ ամենաբարձր պak ժամը Կ = 5 (հավելյալ Rgure S1). A համար Կ = 2, ahpopulations were assigned դեպի օnիսկf երկու կլաստերները հետ a rnernbertoip գործակից (q) > 0.7. Ինչպես սhown մեջ Թիվ 2a, առաջին կլաստերը (անունը S1) ներառում էր MCO և բոլոր ARO պոպուլյացիաները, մինչդեռ S2 կլաստերը խմբավորեց երկու TRO պոպուլյացիաները: K = 5-ում՝ տրամադրելով տվյալների հավաքածուի ավելի խորը նկարագրություն (Նկար 2b), միացումների 75%-ը վերագրվել է հինգ կլաստերից մեկին։ ARO (S1) և TRO (S2) միջև տարանջատումը հաստատվել է, չնայած որոշ ARO պոպուլյացիաներ խառնվել են (q <0.7) կամ խմբավորվել առանձին երկու նոր S3 և S4 կլաստերներում (ARO7 և ARO12, համապատասխանաբար): Հետաքրքիր է, որ MCO-ի առևտրային տեսակը ձևավորեց հստակ կլաստեր (S5)՝ առանձնացված ապուլյան կարմիր սոխից:
Գենետիկական հարաբերություններ բնակչության միջև
SSR պոլիմորֆիզմը թույլ է տվել նկարել գենետիկական բազմազանության դենդրոգրամ, և ֆիլոգենետիկ վերլուծության արդյունքները ներկայացված են Նկարում: 3a. Այստեղ գերմպլազմայի հավաքածուն բաժանվել է հինգ խմբերի, որոնք խիստ աջակցվում են bootstrap արժեքներով: ARO7 և ARO12 պոպուլյացիան անմիջապես առանձնացվել է մնացած պոպուլյացիաներից և ձևավորվել է երկու հստակ կլաստեր: Երրորդ կլաստերը ներառում էր TRO-ի երկու առևտրային պոպուլյացիաները, մինչդեռ չորրորդ հանգույցը բաժանեց MCO-ն տասնմեկ ARO պոպուլյացիաներից: Պոպուլյացիաների միջև առաջացող գենետիկական հարաբերությունները հետագայում ուսումնասիրվել են հիմնական կոորդինատային վերլուծության (PCoA) միջոցով (Նկար 3b) Ինչպես նախկինում ընդգծվեց, ARO պոպուլյացիաները սերտորեն խմբավորված էին, բացառությամբ ARO12-ի և ARO7-ի, որոնք հայտնվել են PCoA-ի գծապատկերում մեկուսացված դիրքերում: Երկու TRO-ները և MCO-ի պոպուլյացիաները ցրված էին հողամասի ստորին աջ վահանակում:
Նկար 3. Գենետիկական բազմազանությունը 16-ի մեջ A. cepa Պոպուլյացիաները, որոնք բնութագրվում են այս հետազոտության մեջ՝ հիմնվելով նրանց ԽՍՀ պրոֆիլի վրա: (a) Գենետիկ հեռավորության UPGMA դենդրոգրամ. Bootstrap-ի աջակցության արժեքները >50 նշված են համապատասխան հանգույցների վերևում; (b) հիմնական բաղադրիչի վերլուծություն (PCoA): Կլաստերը կարմիրով շրջագծված ամբողջությամբ համընկնում է ֆիլոգենետիկ անալիզի արդյունքում առաջացած խմբի հետ և կազմված է 11 ARO միացումներից:
Քննարկում
Հարավային Իտալիայում ավանդաբար մշակվող ագրոկենսաբազմազանության մեծ քանակի շրջանակներում սոխի լանդշաֆտը ներկայացնում է խորշ արտադրանք, որը պետք է պահպանվի գենետիկ էրոզիայի վտանգից և ժամանակակից սորտերով փոխարինվելու սպառնալիքից: BiodiverSO տարածաշրջանային ծրագրի շրջանակներում, որի նպատակն է հավաքել, բնութագրել, խթանել և պահպանել Ապուլիայի տարածաշրջանի գենետիկական ռեսուրսները, որոնք ամուր կապված են տեղական ժառանգության հետ, մենք հիմնեցինք ARO լանդշաֆտի 13 պոպուլյացիաների սերմերի հավաքածու: Մենք զեկուցել ենք ARO տատանումների առաջին գնահատումը ԴՆԹ-ի պոլիմորֆիզմների և երկու կենսաքիմիական պարամետրերի, լուծվող պինդ և պիրուվիկ թթվի պարունակության առումով, որոնք կապված են համային հատկությունների հետ և կարևոր են թարմ չեփած արտադրանքի ընդունման համար: Բացի այդ, ARO լանդշաֆտի վերաբերյալ տվյալները համեմատվել են երկու այլ պիգմենտային սոխի ցեղատեսակների վրա հավաքվածների հետ, որոնց հետ այն հաճախ սխալվում է:
Կենսաքիմիական անալիզները ընդգծեցին 13 ARO պոպուլյացիաների քաղցրությունը՝ կապված բարձր լուծվող պինդ պարունակության և միջին կծու պարունակության հետ՝ համաձայն քաղցր սոխի արդյունաբերության ուղեցույցների։ [31]. ARO լամպերն ավելի քաղցր էին, քան TRO-ի և MCO-ի լամպերը և մի փոքր ավելի բարձր կծուություն էին ցուցադրում: Այնուամենայնիվ, սոխի քաղցրությունը պայմանավորված է շաքարի պարունակության և կծու բալանսով, հետևաբար այս բնութագրումը կարող է օգտակար լինել արժեքավոր գենոտիպերի ընտրությանը աջակցելու համար, որը սովորաբար իրականացվում է ֆերմերների կողմից միայն մորֆոլոգիայի հիման վրա:
Հաստատվել է, որ SSR մարկերները օգտակար գործիք են գենոտիպերը տարբերակելու համար, թեև հավաքվել են աճող նեղ տարածքում, ինչպիսին է Acquaviva delle Fonti քաղաքում: Ընտրված մարկերները ցույց են տվել ալելների ավելի մեծ քանակ, քան նախկինում հաղորդված մարկերները [43] և [44], բայց ավելի ցածր, քան նշված մարկերները [45]. Ավելին, մեր մարկերների հավաքածուի 50%-ը ցույց է տվել PIC ինդեքսի 0.5-ից ավելի արժեքներ, որոնք հարմար են հավաքածուի պոպուլյացիաներին տարբերակելու համար, ինչպես առաջարկվում է [46]. Բազմազանության գնահատումը պոպուլյացիաների ներսում բացահայտեց նմանատիպ արժեքներ Ho-ի և He-ի միջև, ինչը հանգեցնում է ցածր Fi-իs արժեքներ։ Սա համընկնում է արտասահմանյան բնույթի հետ A. cepa, որը լրջորեն տառապում է ներդաշնակ դեպրեսիայով [47]. Ընդհանուր Fis Այս հետազոտության մեջ դիտարկված սոխի պոպուլյացիաներում հաշվարկված արժեքը (0.054) ավելի ցածր էր, քան նախկինում հաղորդվածը: [45] (0.22) և գրեթե նույնական է հայտնաբերածին [31] (0.08) եւ [48] (0.00), ովքեր համապատասխանաբար գնահատել են գենետիկական բազմազանությունը հյուսիսարևմտյան Իսպանիայի և Նիգերի սոխի ցեղերի մեջ: ARO պոպուլյացիաներում հետերոզիգոտության ուշագրավ մակարդակները ամրապնդում են այն գաղափարը, որ Ապուլիան ներկայացնում է բազմազանության կենտրոն այգեգործական շատ տեսակների համար: [32, 42, 49-51].
AMOVA-ն ընդգծեց, որ այս հետազոտության մեջ գենոտիպավորված հավաքածուի մոլեկուլային տատանումների մեծ մասը պատկանում է պոպուլյացիաներին: Այնուամենայնիվ, պոպուլյացիաների միջև զգալի գենետիկական տարբերակում (FPT արժեքներ) բացահայտեց գենետիկ շերտավորման առաջացումը: Իրականում, թեև մեր արդյունքները ցույց տվեցին գենետիկական միատեսակության առկայությունը ARO պոպուլյացիաների մեծ մասում՝ ձևավորելով լավ սահմանված կլաստեր, ARO7 և ARO12 պոպուլյացիաները ցուցադրեցին հստակ հստակ գենետիկական պրոֆիլ: Այս արդյունքը կարող է պայմանավորված լինել երկու ֆերմերների կողմից օգտագործվող սերմերի տարբեր ծագմամբ, որոնցից հավաքվել են պոպուլյացիաները: Ավելին, ստացված արդյունքների հիման վրա ARO լանդշաֆտը գենետիկ մակարդակով հստակորեն տարբերվում է TRO և MCO լանդշաֆտներից: Վերջերս կատարված ուսումնասիրության մեջ. [29] Գնահատել է իտալական սոխի մի քանի ցեղատեսակների գենետիկական բազմազանությունը, այդ թվում՝ «Acquaviva», «Tropea» և «Montoro»: Թեև հեղինակները օգտագործել են SNP մարկերներ՝ գնահատելու ավելի լայն սոխի հավաքածուի գենետիկական բազմազանությունը, գենոտիպավորումը չի կարողացել տարբերակել «Acquaviva»-ն «Tropea» և «Montoro» սոխից: Հավանաբար, այս անհամապատասխանությունը պայմանավորված է հայտնաբերված ցածր միջին PIC արժեքով (0.292), ինչը վկայում է վերլուծության տակ գտնվող տեղանքների համեստ ընդհանուր տեղեկատվականության մասին, ինչպես պնդում է [29]. Ավելին, իրենց իտալական կլաստերում ենթակառուցվածքի առկայությունը հետազոտելու համար ավելի լավ կլիներ վերլուծել իտալական գենոտիպերը հավաքածուի մնացած մասերից առանձին: Հավանաբար դա թույլ կտար պատկերացնել գենետիկական բազմազանության օրինաչափությունը՝ կապված էմպիրիկ ընտրության աշխարհագրական շերտավորման կամ հատկանիշների հետ:
Եզրափակելով, այս ուսումնասիրությունը ներկայացնում է համապարփակ զեկույց սոխի ցեղատեսակի վերաբերյալ, որը կապված է տեղական մշակութային ժառանգության հետ և տնտեսական կարևորություն ունի ֆերմերների համար: Մեր արդյունքներն ընդգծում են, որ մի քանի բացառություններով, ARO-ն բնութագրվում է հստակ սահմանված գենոֆոնդով, որն արժանի է պաշտպանվելու գենետիկ էրոզիայի վտանգից: Հետևաբար, գենետիկական բազմազանության այս արժեքավոր աղբյուրի ներկայացուցչական հավաքածուի ստեղծումը վճռորոշ է եղել: Վերջապես, ARO-ի գենետիկական և ֆենոտիպային բնութագրումը կարող է օգտակար լինել Եվրոպական միությունից որակի նշաններ ստանալու համար:
Նյութեր եւ մեթոդներ
Գերմպլազմայի հավաքում, բուսական նյութերի և ԴՆԹ-ի արդյունահանում
ARO լանդշաֆտի 13 պոպուլյացիան ձեռք է բերվել Ապուլիայի տարածաշրջանի ծրագրի շրջանակներում (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), մի շարք առաքելությունների միջոցով, որոնք իրականացվել են «Acquaviva delle Fonti» փոքրիկ ապուլյան քաղաքում Իտալիայի Բարի գավառում: Յուրաքանչյուր միացումների հավաքագրման վայրերը քարտեզագրվել են Աշխարհագրական տեղեկատվական համակարգի (GIS) միջոցով և ներկայացված են Աղյուսակում 4. Ի լրումն, երկու պոպուլյացիա TRO լանդշաֆտից և մեկ պոպուլյացիա MCO լանդշաֆտից ներառվել են սույն ուսումնասիրության մեջ և օգտագործվել որպես հղումներ: Ամբողջ բուսանյութն աճեցվել է նույն բնապահպանական պայմաններում Բարիի համալսարանի «P Martucci» փորձարարական ֆերմայում (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), պաշտպանական վանդակի տակ, որպեսզի խուսափեն խաչաձև փոշոտումից: պոպուլյացիաները և ներբնակչության փոշոտման ապահովումը փչովի ճանճերի միջոցով (Լյուսիլիա Կեսար): 16 պոպուլյացիան բնութագրվել է լամպի չափի և ձևի, մաշկի և մարմնի գույնի հետ կապված հատկանիշներով (Աղյուսակ S1): Բացի այդ, պինդ լուծվող պարունակության փորձարկումն իրականացվել է ձեռքի ռեֆրակտոմետրի միջոցով, և կծկությունը չափվել է սոխի հյութի նմուշներում՝ ավելացնելով 2,4-դինիտրոֆենիլ հիդրազին (0.125%): v/v HCl-ի 2N-ում) և գնահատելով կլանումը 420 նմ-ում, ինչպես հաղորդում է. [31]. Duncan-ի բազմակի հեռահար փորձարկումը և SNK թեստն իրականացվել են էական տարբերությունների առկայությունը որոշելու համար:
Աղյուսակ 4. Այս հետազոտության ընթացքում հավաքագրված և գենոտիպավորված բնակչության ցանկը: Յուրաքանչյուր բնակչության համար հաղորդվում է նույնականացման կոդը, տեղական անվանումը, GPS կոորդինատը և սերմերը պահպանող գեների բանկը:
Կոդ | Անուն | GPS կոորդինատները | Գեների բանկ y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54'51.372″ N 16°49'3.504" E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52'49.8″ N 16°49'48.575" E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Դի.ՍՍՊԱ |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Դի.ՍՍՊԱ |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Դի.ՍՍՊԱ |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Դի.ՍՍՊԱ |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Դի.ՍՍՊԱ |
y Di.SSPA, Հողի, բույսերի և սննդի գիտությունների բաժին, Բարիի համալսարան: |
Մեկ պոպուլյացիայի համար 20 գենոտիպից կազմված տերևային նյութը նմուշառվել և պահպանվել է -80 °C ջերմաստիճանում մինչև օգտագործումը: Պոլիսաքարիդներով հարուստ տեսակների համար, ինչպես A. cepa, Պոլիսաքարիդների հեռացման առաջին քայլերը կարևոր են որակյալ ԴՆԹ ստանալու համար, հետևաբար նախնական լվացումները STE բուֆերում (0.25 M սախարոզա, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) կատարվել են, ինչպես նկարագրված է. [52]. Ընդհանուր ԴՆԹ-ն արդյունահանվել է CTAB մեթոդով [53] և վերջապես այն ստուգվել է որակի և կոնցենտրացիայի համար Nano Drop 2000 UV-vis սպեկտրոֆոտոմետրով (ThermoScientific, Waltham, MA, ԱՄՆ) և 0.8% ագարոզայի գել էլեկտրոֆորեզով:
ԽՍՀ վերլուծություն
16 EST-SSR այբբենարանների համակցություններ, որոնք մշակվել են [54] և նախկինում փորձարկվել է գենետիկական բազմազանության ուսումնասիրություններում [43] և [44] եւ 21 գենոմային ՍՍՀ [45-55] ստուգվել են դրանց համապատասխանությունը գնահատելու համար (Լրացուցիչ աղյուսակ S4): Գենոտիպավորումն իրականացվել է տնտեսական լյումինեսցենտային հատկորոշման մեթոդի միջոցով, որտեղ M13 պոչը ավելացվում է յուրաքանչյուր առջևի SSR այբբենարանին: [56]. PCR խառնուրդները պատրաստվել են 20 գլ ռեակցիայի մեջ, որը պարունակում է. 50 նգ ընդհանուր ԴՆԹ, 0.2 մՄ dNTP խառնուրդ, 1X PCR ռեակցիայի բուֆեր, 0.8 U DreamTaq ԴՆԹ պոլիմերազ (Thermo Scientific, Waltham, MA, ԱՄՆ), 0.16 գՄ հակադարձ պրայմեր: , 0.032 գ մլ առաջնային այբբենարան՝ երկարացված M13 հաջորդականությամբ (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3') և 0.08 գ ունիվերսալ M13 այբբենարան, որը պիտակավորված է FAM կամ NED ֆլուորեսցենտային ներկերով (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, ԱՄՆ): PCR ռեակցիաներն իրականացվել են SimpliAmp (Applied Biosystems, Կալիֆորնիա, ԱՄՆ) ջերմոցիկատորում հետևյալ պայմաններով պրայմերների զույգերի մեծամասնության համար՝ 94 °C 5 րոպե, 40 ցիկլ 94 °C 30 վրկ, 58 °C։ 45 վրկ և 72 °C 45 վրկ և վերջնական երկարացում 72 °C-ում 5 րոպե: Ինչ վերաբերում է ACM446-ին և ACM449-ին, ապա կիրառվել է touchdown PCR՝ 60 °C-ից 55 °C ջերմաստիճանում 10 ցիկլերի ընթացքում, 30 ցիկլ 55 °C-ում, որին հաջորդել է վերջնական երկարացում 5 րոպե 72 °C-ում: PCR արտադրանքները բեռնվել են 96 ջրհորանոց ափսեի մեջ և խառնվել 14 գ Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, ԱՄՆ) և 0.5 գL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA): Ամպլիկոնները լուծվել են ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) մազանոթների հաջորդականացման մեքենայի միջոցով, որտեղ ալելները գնահատվել են որպես համադոմինանտ և նշանակվել՝ օգտագործելով GeneMapper Software Version 3.7:
Ծրագրային ապահովում GenAlEx 6.5 [57] և Cervus 3.0.7 [58] օգտագործվել են ալելների թիվը (Na), արդյունավետ ալելների թիվը (Ne), դիտված հետերոզիգոտությունը (Ho), սպասվող հետերոզիգոտությունը (He), պոլիմորֆ տեղեկատվության պարունակությունը (PIC), Շանոնի տեղեկատվական ինդեքսը (I) և ամրագրման ինդեքսը (Fis) գնահատելու համար։ ) յուրաքանչյուր SSR տեղանքի համար:
Գենետիկական բազմազանության գնահատում
Գենետիկական տատանումների հիերարխիկ բաժանումը սոխի պոպուլյացիաների միջև և ներսում գնահատվել է GenAlEx 6.5-ի կողմից: [57] մոլեկուլային շեղումների վերլուծության միջոցով (AMOVA) 999 bootstrapping-ով` նշանակության ստուգման համար: Ավելին, GenAlEx 6.5 ծրագրաշարն օգտագործվել է յուրաքանչյուր պոպուլյացիայի մեջ բազմազանությունը գնահատելու համար՝ հաշվարկելով Ho, He և Fis-ի միջինը ԽՍՀ բոլոր տեղամասերում:
Բնակչության կառուցվածքը ենթադրվել է Բայեսյան մոդելի վրա հիմնված կլաստերավորման ալգորիթմով, որն իրականացվել է STRUCTURE v.2.3.4 ծրագրաշարում: [59]. Տվյալների հավաքածուն գործարկվել է մի շարք հիպոթետիկ կլաստերներով (K), որոնք տատանվում են 1-ից մինչև 10-ը՝ յուրաքանչյուր K արժեքի համար սահմանելով տասը անկախ գործարկում: Յուրաքանչյուր վազքի համար, նպատակ ունենալով ստուգել արդյունքների հետևողականությունը, 100,000 սկզբնական այրման ժամանակահատվածը և 100,000 Մարկովյան շղթայի Մոնտե Կառլոյի (MCMC) կրկնությունները կատարվել են խառնուրդի մոդելի և պոպուլյացիաների միջև անկախ ալելային հաճախականությունների ներքո: Ամենահավանական K արժեքը որոշվել է կիրառելով AK մեթոդը, որը նկարագրված է [60], վեբ վրա հիմնված ԿԱՌՈՒՑՎԱԾՔ ՀԱՐՎԵՍՏՐ ծրագրում [61]. Առանձին պոպուլյացիան վերագրվում էր որոշակի կլաստերի, երբ նրա անդամակցության գործակիցը (q-արժեքը) 0.7-ից բարձր էր, հակառակ դեպքում այն համարվում էր խառը ծագում ունեցող:
Հիմնական կոորդինատների վերլուծությունը կատարվել է Նեյի գենետիկ հեռավորության մատրիցով բացահայտված միացումների միջև գենետիկական հարաբերությունների օրինաչափությունները պատկերացնելու համար (Լրացուցիչ աղյուսակ S5): Ալելների հաճախականությունների հիման վրա կառուցվել է գենետիկական հեռավորության դենդրոգրամ՝ կիրառելով չկշռված զույգ խմբի մեթոդը՝ թվաբանական միջիններով (UPGMA) կլաստերային վերլուծությամբ POPTREEW ծրագրաշարում: [62]. Bootstrapping-ը կիրառվել է հիերարխիկ կլաստերավորման նկատմամբ վստահությունը գնահատելու համար՝ սահմանելով տվյալների հավաքածուի 100 վերընտրանք: Վերջապես, MEGA X ծրագրակազմը [63] օգտագործվել է որպես ծառ նկարելու ծրագիր:
Լրացուցիչ նյութեր. Հետեւյալները հասանելի են առցանց http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Աղյուսակ S1. ARO, MCO և TRO լամպերի մորֆոլոգիական բնութագրումը: Աղյուսակ S2. Հետերոզիգոտության և ամրագրման ինդեքսները հաշվարկված են ARO լանդշաֆտների և TRO և MCO լանդշաֆտների համար: Աղյուսակ S3. Fpt պարամետրի զույգ արժեքները: Աղյուսակ S4. Ուսումնասիրության մեջ օգտագործված SSR-ների ցանկը: Աղյուսակ S5. Nei գենետիկական հեռավորության պոպուլյացիայի զույգ մատրիցա: Նկար S1. K արժեքների գծային աղյուսակը փոխվում է Էվաննոյի Delta K-ով:
Հեղինակային ներդրումներ. CL-ն և LR-ն ստեղծեցին ուսումնասիրությունը և նախագծեցին փորձը. CL-ն և PI-ն իրականացրել են մոլեկուլային մարկերային վերլուծություն; ARM-ը և VZ-ն իրականացրել են դաշտային փորձարկումները; RM, SP, GR և CL ներգրավված էին տվյալների վերլուծության մեջ; RM և CL գրել են ձեռագիրը: Բոլոր հեղինակները կարդացել և համաձայնել են ձեռագրի հրապարակված տարբերակին։
Ֆինանսավորում. Այս աշխատանքը ֆինանսավորվել է «Ապուլիայի բանջարեղենի տեսակների կենսաբազմազանություն» տարածաշրջանային ապուլյան ծրագրի կողմից՝ «Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia» 2014-2020 թթ. Միսուրա 10 — Սոտոմիսուրա 10.2; դրամաշնորհ CUP H92C15000270002, Իտալիա.
Լրացուցիչ տեղեկություններ Շնորհակալագրերը շնորհվում են «Azienda Agricola Iannone Anna»-ին և «Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva»-ին փորձի մեջ օգտագործվող բուսական նյութեր տրամադրելու համար:
Շահերի բախման. Հեղինակները հայտարարում են ոչ մի շահերի բախում:
Սայլակ
- 1. Stearn, WT Քանի՞ տեսակ է հայտնի Ալիում: Քյու Մագ. 1992, 9, 180-182թթ. [CrossRef]
- 2. ՖԱՈՍՏԱՏ. FAO վիճակագրական տվյալների բազա. Հասանելի է առցանց՝ http://www.fao.org/2017 (մուտք՝ 8 թվականի հունվարի 2019-ին)։
- 3. Block, E. Սխտորի և սոխի քիմիան: Sci. Ամ. 1985, 252, 114-119թթ. [CrossRef]
- 4. Լի, Բ. Յունգ, Ջ.Հ. Kim, HS Կարմիր սոխի գնահատումը հակաօքսիդանտ ակտիվության վրա առնետի վրա: Սննդի Քիմ. Թունավոր. 2012, 50, 3912-3919: [CrossRef]
- 5. Լի, Ս.Մ. Լուսին, Ջ. Chung, JH; Չա, ՅՋ; Shin, MJ Կվերցետինով հարուստ սոխի կեղևի քաղվածքների ազդեցությունը առնետների զարկերակային թրոմբոցի վրա: Սննդի Քիմ. Թունավոր. 2013, 57, 99-105: [CrossRef] [PubMed]
- 6. Յոշինարի, Օ. Շիոջիմա, Յ. Igarashi, K. Սոխի էքստրակտի հակագիրության ազդեցությունը ցուկերի դիաբետիկ ճարպային առնետների վրա: nutrients 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Ակաշ, ՄՇՀ; Ռեհման, Կ. Chen, S. Spice plant Allium cepa: Դիետիկ հավելում 2-րդ տիպի շաքարային դիաբետի բուժման համար: Սնուցում 2014, 30, 1128-1137թթ. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Վանգ, Յ. Tian, WX; Ma, XF սոխի արգելակող ազդեցությունները (Allium cepa L.) քաղվածք քաղցկեղի բջիջների և ճարպային բջիջների բազմացման վրա՝ արգելակող ճարպաթթուների սինթազայի միջոցով: Ասիական Պակ. J. Քաղցկեղ Նախ. 2012,13, 5573-5579: [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Չուեհ, Ֆ.Ս. Չեն, YY; Յանգ, JS; Լին, Ջ.Պ.; Լիեն, JC; Ցայ, CH; Chung, JG Quercetin-ը արգելակում է SAS մարդու բերանի խոռոչի քաղցկեղի բջիջների միգրացիան և ներխուժումը NF-kappaB-ի և մատրիցային մետալոպրոտեինազա-2/-9 ազդանշանային ուղիների արգելակման միջոցով: Anticancer Res. 2013, 33, 1941-1950թթ. [PubMed]
- 10. Նիկաստրո, ՀԼ; Ross, SA; Milner, JA Սխտոր և սոխ. նրանց քաղցկեղի կանխարգելման հատկությունները. Քաղցկեղ Նախ. Ռես. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Ֆորտե, Լ. Տորիչելլի, Պ. Բոանինի, Է. Գազանո, Մ. Ռուբինի, Կ. Ֆինի, Մ. Bigi, A. Կվերցետինով ֆունկցիոնալացված հիդրօքսիապատիտի հակաօքսիդանտ և ոսկրային վերականգնող հատկություններ. օստեոբլաստ-օստեոկլաստ-էնդոթելի բջիջների համատեղ մշակույթ in vitro ուսումնասիրություն: Acta Biomater. 2016, 32, 298-308: [CrossRef]
- 12. Յամազակի, Յ. Իվասակի, Կ. Միկամի, Մ. Յագիհաշի, Ա. Տասնմեկ համային պրեկուրսորների, S-Alk(en)yl-L-cysteine ածանցյալների բաշխումը յոթ Allium բանջարեղենում: Սննդի գիտ. Տեխնոլ. Ռես. 2011, 17, 55-62: [CrossRef]
- 13. Block, E. The organosulfur chemistry of the Genus Allium – Implications for the organic chemistry of ծծմբի. Անգյու. Քիմ. Միջ. Էդ. Անգլ. 1992, 31, 1135-1178թթ. [CrossRef]
- 14. Գրիֆիթս, Գ. Թրումեն, Լ. Քրոութեր, Տ. Թոմաս, Բ. Սմիթ, Բ. Սոխ. Համաշխարհային օգուտ առողջության համար: Ֆիտոթեր. Ռես. 2002,16, 603-615: [CrossRef]
- 15. Շվիմեր, Ս. Ուեսթոն, Վ.Ջ. Սոխի մեջ պիրուվիթթվի ֆերմենտային զարգացումը որպես կծու չափման միջոց։ Ջ.Ագրիկ. Սննդի Քիմ. 1961, 9, 301-304: [CrossRef]
- 16. Կետեր, ԿԱՏՈՒ; Randle, WM Կծկության գնահատում սոխի մեջ: Մեջ Փորձարկված ուսումնասիրություններ լաբորատոր ուսուցման համար; Karcher, SJ, Ed. Կենսաբանության լաբորատոր կրթության ասոցիացիա (ABLE). Նյու Յորք, Նյու Յորք, ԱՄՆ, 1998; Հատոր 19, էջ 177-196։
- 17. Hanelt, P Տաքսոնոմիա, էվոլյուցիա և պատմություն: Մեջ Սոխ և դաշնակից մշակաբույսեր, հատ. I. Բուսաբանություն, ֆիզիոլոգիա և գենետիկա; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, USA, 1990; էջ 1-26։
- 18. Ռաբինովիչ, ՀԴ; Կուրրա, Լ. Allium Crop Science. Վերջին ձեռքբերումները; CABI Publishing: Wallingford, Մեծ Բրիտանիա, 2002 թ.
- 19. Մալլոր, Ք. Կարավեդո, Մ. Էստոպանան, Գ. Mallor, F. Սոխի գենետիկական ռեսուրսների բնութագրումը (Allium cepa Լ.) իսպանական բազմազանության երկրորդական կենտրոնից։ Span. Ջ.Ագրիկ. Ռես. 2011, 9, 144-155թթ. [CrossRef]
- 20. Ֆերիոլի, Ֆ. D'Antuono, LF Ֆենոլիկների և ցիստեին սուլֆոքսիդների գնահատումը տեղական սոխի և սոխի գերմպլազմայում Իտալիայից և Ուկրաինայից: Գենետ. ռեսուրս. Crop Evol. 2016, 63, 601-614: [CrossRef]
- 21. Պետրոպուլոս, Ս.Ա. Ֆերնանդես, Ա. Բարրոս, Լ. Ֆերեյրա, ICFR; Նտացի, Գ. Հունաստանի սոխի տեղական ցեղատեսակի «vatikiotiko»-ի մորֆոլոգիական, սննդային և քիմիական նկարագրությունը: Սննդի Քիմ. 2015,182, 156-163թթ. [CrossRef]
- 22. Լիգուորի, Լ. Ադիլետտա, Գ. Նազարո, Ֆ. Ֆրատիաննի, Ֆ. Դի Մատեո, Մ. Albanese, D. Միջերկրական ծովի տարածքում սոխի տարբեր սորտերի կենսաքիմիական, հակաօքսիդիչ հատկություններ և հակամանրէային ակտիվություն: J. Food Meas. Բնավորություն. 2019,13, 1232-1241թթ. [CrossRef]
- 23. Յու, ԿՍ; Պիկեն, Լ. Քրոսբի, Կ. Ջոնս, Ռ. Leskovar, D. Սոխի կծու տարբերությունները սորտերի, աճի միջավայրի և լամպերի չափերի պատճառով: Գիտ. Հորտիկ. 2006,110, 144-149թթ. [CrossRef]
- 24. Մեղու, Ն. Պերներ, Հ. Շվարց, Դ. Ջորջ, Է. Kroh, LW; Rohn, S. Կվերցետին-3, 4'-Օ-դիգլյուկոզիդ, քվերցետին-4'-Օ-մոնոգլուկոզիդ և քվերցետինի բաշխումը սոխի լամպի տարբեր մասերում (Allium cepa L.) գենոտիպից ազդված: Սննդի Քիմ. 2010,122, 566-571: [CrossRef]
- 25. Կարուզո, Գ. Կոնտի, Ս. Վիլարի, Գ. Բորելի, Ք. Մելքիոննա, Գ. Մինուտոլո, Մ. Ռուսո, Գ. Amalfitano, C. Փոխպատվաստման ժամանակի և բույսերի խտության ազդեցությունը սոխի բերքատվության, որակի և հակաօքսիդանտի վրա (Allium cepa Լ.) հարավային Իտալիայում։ Գիտ. Հորտիկ. 2014,166, 111-120թթ. [CrossRef]
- 26. Պերես-Գրեգորիո, Մ.Ռ. Ռեգեյրո, Ջ. Սիմալ-Գանդարա, Ջ. Ռոդրիգես, AS; Almeida, DPF Սոխի ավելացված արժեքի ավելացում՝ որպես հակաօքսիդանտ ֆլավոնոիդների աղբյուր. Քննադատական ակնարկ: Քրիտ. Rev. Սննդի Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Պոնլ, Տ. Շվեյգերտ, Ռ.Մ. Carle, R. Մշակման մեթոդի և սորտերի ընտրության ազդեցությունը սոխի լուծվող ածխաջրերի և կծու սկզբունքների վրա (Allium cepa Լ.): Ջ.Ագրիկ. Սննդի Քիմ. 2018, 66, 12827-12835թթ. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Թեդեսկո, Ի. Կարբոն, Վ. Սպագնուոլո, Ք. Մինասի, Պ. Russo, GL Ֆլավոնոիդների նույնականացում և քանակականացում հարավային իտալական երկու սորտերից allium cepa L., Tropea (կարմիր սոխ) և Montoro (պղնձի սոխ) և նրանց կարողությունը պաշտպանելու մարդու էրիթրոցիտները օքսիդատիվ սթրեսից: Ջ.Ագրիկ. Սննդի Քիմ. 2015, 63, 5229-5238: [CrossRef]
- 29. Վիլանո, Ք. Էսպոզիտո, Ս. Կարուչի, Ֆ. Ֆրուսիանտե, Լ. Կարպուտո, Դ. Aversano, R. Բարձր թողունակության գենոտիպավորումը սոխում բացահայտում է գենետիկական բազմազանության կառուցվածքը և տեղեկատվական SNP-ները, որոնք օգտակար են մոլեկուլային բուծման համար: Մոլ. Ցեղատեսակ. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Մերկատի, Ֆ. Լոնգո, Ք. Պոմա, Դ. Արանիտի, Ֆ. Լուպինի, Ա. Մամանո, Մ.Մ. Ֆիորե, ԲԿ; Աբենավոլի, Մ.Ռ. Sunseri, F Իտալական երկար պահպանման ժամկետով լոլիկի գենետիկական տարբերակ (Solanum lycopersicum Լ.) հավաքագրում՝ օգտագործելով ՍՍՀ և մորֆոլոգիական մրգի հատկությունները։ Գենետ. ռեսուրս. Crop Evol. 2014, 62, 721-732: [CrossRef]
- 31. Գոնսալես-Պերես, Ս. Մալոր, Ք. Գարսես-Կլավեր, Ա. Մերինո, Ֆ. Տաբոադա, Ա. Ռիվերա, Ա. Պոմար, Ֆ. Պերովիչ, Դ. Սիլվար, Ք. Գենետիկական բազմազանության և որակի հատկությունների ուսումնասիրում սոխի հավաքածուում (Allium cepa L.) լանդշաֆտներ Իսպանիայի հյուսիս-արևմուտքից: Գենետիկա 2015, 47, 885-900: [CrossRef]
- 32. Լոտտի, Ք. Իովիենո, Պ. Սենտոմանի, Ի. Marcotrigiano, AR; Ֆանելի, Վ. Միմիոլա, Գ. Սումմո, Ք. Պավան, Ս. Ricciardi, L. Կաղամբի գենետիկական, կենսաագրոնոմիական և սննդային բնութագրումը (brassica oleracea L. var. ացեֆալա) բազմազանություն Ապուլիայում, Հարավային Իտալիա: բազմազանություն 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Բարդարո, Ն. Marcotrigiano, AR; Բրակուտո, Վ. Մացզեո, Ռ. Ռիկարդի, Ֆ. Լոտտի, Ք. Պավան, Ս. Ricciardi, L. Գենետիկական վերլուծություն դիմադրության Orobanche crenata (Forsk.) մի սիսեռի մեջ (Pisum sativum Լ.) ցածր-ստրիգոլակտոն գիծ. J. Plant Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Վակո, Տ. Ցուկազակի, Հ. Յագուչի, Ս. Յամաշիտա, Կ. Իտո, Ս. Shigyo, M. Քանակական հատկանիշի տեղաբաշխման քարտեզագրում սոխի փունջում պտտվելու ժամանակի համար (Allium fistulosum Լ.): Եվֆիտիկա 2016, 209, 537-546: [CrossRef]
- 35. Դաքա, Ն. Մուխոպադյայ, Ա. Պարիտոշ, Կ. Գուպտա, Վ. Պենտալ, Դ. Pradhan, AK Genic SSR-ների նույնականացում և SSR-ի վրա հիմնված կապի քարտեզի կառուցում Brassica juncea. Եվֆիտիկա 2017, 213, 15: [CrossRef]
- 36. Անանդան, Ս. Mote, SR; Գոպալ, Ջ. Սոխի սորտերի ինքնության գնահատում ՍՍՌ մարկերների միջոցով: Սերմերի գիտ. Տեխնոլ. 2014, 42, 279-285: [CrossRef]
- 37. Միտրովա, Կ. Սվոբոդա, Պ. Ovesna, J. Չեխիայից սոխի սորտերի տարբերակման համար մարկերային հավաքածուի ընտրություն և վավերացում: Չեխ Ջ.Գենետ. Բույսերի ցեղատեսակ. 2015, 51, 62-67: [CrossRef]
- 38. Դի Ռիենցո, Վ. Miazzi, MM; Ֆանելի, Վ. Սաբետա, Վ. Montemurro, C. Apulian olive germplasm կենսաբազմազանության պահպանումը և բնութագրումը: Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Մալոր, Ք. Առնեդո-Անդրես, Ա. Garces-Claver, A. Assessing the genetic diversity of Spanish allium cepa լանդշաֆտներ սոխի բուծման համար՝ օգտագործելով միկրոարբանյակային մարկերներ: Գիտ. Հորտիկ. 2014,170, 24-31թթ. [CrossRef]
- 40. Ռիվերա, Ա. Մալոր, Ք. Գարսես-Կլավեր, Ա. Գարսիա-Ուլոա, Ա. Պոմար, Ֆ. Silvar, C. Գնահատելով սոխի գենետիկական բազմազանությունը (allium cepa L.) լանդշաֆտներ Իսպանիայի հյուսիս-արևմուտքից և համեմատություն եվրոպական փոփոխականության հետ: NZJ Crop Hortic. 2016, 44, 103-120թթ. [CrossRef]
- 41. Դե Ջովաննի, Ք. Պավան, Ս. Տարանտո, Ֆ. Դի Ռիենցո, Վ. Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Մանգինի, Գ. Մոնտեմուրրո, Ք. Ռիկարդի, Լ. Lotti, C. Սիսեռի գլոբալ germplasm հավաքածուի գենետիկական փոփոխություն (Cicer arietinum Լ.) ներառյալ գենետիկ էրոզիայի վտանգի տակ գտնվող իտալական միացումները: Ֆիզիոլ. Մոլ. Բիոլ. Բույսեր 2017, 23, 197-205թթ. [CrossRef]
- 42. Մացզեո, Ռ. Մորգեզե, Ա. Սոննանտ, Գ. Zuluaga, DL; Պավան, Ս. Ռիկարդի, Լ. Lotti, C. Բրոկկոլի ռաբիսի գենետիկական բազմազանությունը (Բրասիկա Ռապա L. subsp. սիլվեստրիս (Լ.) Յանչ.) Հարավային Իտալիայից։ Գիտ. Հորտիկ. 2019, 253, 140-146թթ. [CrossRef]
- 43. Ջակսե, Մ. Մարտին, Վ. ՄակՔալում, Ջ. Havey, M. Մեկ նուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմներ, ինդելներ և պարզ հաջորդականության կրկնություններ սոխի սորտերի նույնականացման համար: J. Am. Սոց. Հորտիկ. Գիտ. 2005,130, 912-917: [CrossRef]
- 44. ՄակՔալում, Ջ. Թոմսոն, Ս. Փիթեր-Ջոյս, Մ. Kenel, F. Գենետիկական բազմազանության վերլուծություն և մեկ նուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմի մարկերի զարգացում աճեցված սոխի մեջ՝ հիմնված արտահայտված հաջորդականության պիտակ-պարզ հաջորդականության կրկնվող մարկերների վրա: J. Am. Սոց. Հորտիկ. Գիտ. 2008,133, 810-818: [CrossRef]
- 45. Բալդուին, Ս. Փիթեր-Ջոյս, Մ. Ռայթ, Կ. Չեն, Լ. ՄակՔալում, Ջ. Գենոմային պարզ հաջորդականության կրկնվող մարկերների մշակում` սոխի ներսում և դրանց միջև գենետիկական բազմազանության գնահատման համար (Allium cepa Լ.) պոպուլյացիաներ. Մոլ. Ցեղատեսակ. 2012, 30, 1401-1411թթ. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Skow, LC Միկրարբանյակային մարկերներ սպիտակ պոչավոր եղնիկի մեջ: J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Խոդադադի, Մ. Հասանփանահ, Դ.Իրանական սոխ (Allium cepa L.) սորտերի արձագանքները ներդաշնակ դեպրեսիայի նկատմամբ: Համաշխարհային հավելված. Գիտ. Ջ. 2010,11, 426-428:
- 48. Աբդու, Ռ. Բակասո, Յ. Սաադու, Մ. Baudoin, JP; Hardy, OJ Նիգերի սոխի գենետիկական բազմազանությունը (Allium cepa L.) գնահատվում է պարզ հաջորդականության կրկնվող մարկերներով (SSR): Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Պավան, Ս. Լոտտի, Ք. Marcotrigiano, AR; Մացզեո, Ռ. Բարդարո, Ն. Բրակուտո, Վ. Ռիկարդի, Ֆ. Տարանտո, Ֆ. Դ'Ագոստինո, Ն. Սկիավուլլի, Ա. et al. Հստակ գենետիկական կլաստեր աճեցված սիսեռում, որը բացահայտվել է գենոմի լայնածավալ մարկերների հայտնաբերման և գենոտիպավորման միջոցով: Բույսերի գենոմը 2017, 2017,10: [CrossRef]
- 50. Պավան, Ս. Marcotrigiano, AR; Սիանի, Է. Մացզեո, Ռ. Զոննո, Վ. Ռուջերի, Վ. Լոտտի, Ք. Ricciardi, L. Genotyping-by-sequencing of a melon (Cucumis melo Լ.) Բազմազանության երկրորդական կենտրոնից գերմպլազմայի հավաքածուն ընդգծում է տարբեր գենոֆոնդների գենետիկական տատանումների օրինաչափությունները և գենոմային առանձնահատկությունները: BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Դի Ռիենցո, Վ. Սիոն, Ս. Տարանտո, Ֆ. Դ'Ագոստինո, Ն. Մոնտեմուրրո, Ք. Ֆանելի, Վ. Սաբետա, Վ. Բուշեֆա, Ս. Տամենջարի, Ա. Պասկուալոն, Ա. et al. Միջերկրական ծովի ավազանում ձիթապտղի պոպուլյացիայի գենետիկական հոսքը. Պեր Ջ. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Հովիվ, ԼԴ; McLay, TG Երկու միկրոմասշտաբային արձանագրություն՝ պոլիսախարիդներով հարուստ բուսական հյուսվածքից ԴՆԹ-ի մեկուսացման համար: J. Plant Res. 2011,124, 311-314: [CrossRef]
- 53. Դոյլ, Ջ.Ջ. Doyle, JL Բույսերի ԴՆԹ-ի մեկուսացում թարմ հյուսվածքից: Կենտրոնանալ 1990,12, 13-14թթ.
- 54. Kuhl, JC; Չյունգ, Ֆ. Քյաոպինգ, Յ. Մարտին, Վ. Զևդի, Յ. ՄակՔալում, Ջ. Կատանաչ, Ա. Ռադերֆորդ, Պ. Լվացարան, KC; Ջենդերեկ, Մ. et al. 11,008 սոխով արտահայտված հաջորդականության պիտակների եզակի հավաքածուն բացահայտում է արտահայտված հաջորդականության և գենոմային տարբերությունները ծնեբեկների և պոալների միաշերտ շարքերի միջև: Բույսերի բջիջ 2004,16, 114-125: [CrossRef]
- 55. Քիմ, Հ.Ջ. Լի, HR; Հյուն, Ջեյ; Երգ, KH; Քիմ, Խ.Հ. Քիմ, ՋԵ; Հուր, ԿԳ; Harn, CH Մարկերի մշակում սոխի գենետիկական մաքրության փորձարկման համար՝ օգտագործելով SSR Finder: կորեական J. Breed. Գիտ. 2012, 44, 421-432: [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. PCR բեկորների լյումինեսցենտային պիտակավորման տնտեսական մեթոդ: Նատ. Կենսատեխնոլ. 2000, 18, 233-234: [CrossRef] [PubMed]
- 57. Պիկոլ, Ռ. Smouse, PE GenAlEx 6.5. Գենետիկական վերլուծություն Excel-ում: Բնակչության գենետիկական ծրագրակազմ դասավանդման և հետազոտության համար. Թարմացում. Բիոինֆորմատիկա 2012, 28, 2537-2539: [CrossRef] [PubMed]
- 58. Կալինովսկի, Ս.Թ. Taper, ML; Marshall, TC Վերանայելով, թե ինչպես է CERVUS համակարգչային ծրագիրը տեղավորում գենոտիպային սխալը, մեծացնում է հայրության նշանակման հաջողությունը: Մոլ. Էկոլ. 2007,16, 1099-1106թթ. [CrossRef]
- 59. Պրիտչարդ, Ջ.Կ.; Ստեֆենս, Մ. Ռոզենբերգ, ՆԱ; Donnelly, P. ասոցիացիայի քարտեզագրում կառուցվածքային պոպուլյացիաներում: Ամ. J. Hum. Գենետ. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Էվաննո, Գ. Ռեգնաուտ, Ս. Goudet, J. Ծրագիրը օգտագործող անհատների կլաստերների քանակի հայտնաբերում ԿԱՌՈՒՑՎԱԾՔ. Մոդելավորման ուսումնասիրություն: Մոլ. Էկոլ. 2005,14, 2611-2620: [CrossRef]
- 61. Էրլ, Դ. VonHoldt, B. ԿԱՌՈՒՑՎԱԾՔՆԵՐԻ ՀԱՐՎԵՍՏԵՐ. ԿԱՌՈՒՑՎԱԾՔԻ ելքը վիզուալացնելու և Էվաննոյի մեթոդի ներդրման կայք և ծրագիր: Պահպանել. Գենետ. ռեսուրս. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Տակեզակի, Ն. Նեյ, Մ. Tamura, K. POPTREEW. POPTREE-ի վեբ տարբերակը ալելների հաճախականության տվյալներից պոպուլյացիայի ծառեր կառուցելու և որոշ այլ մեծություններ հաշվարկելու համար: Մոլ Բիոլ Էվոլ. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Կումար, Ս. Ստեչեր, Գ. Լի, Մ. Կնյազ, Ք. Tamura, K. MEGA X. Մոլեկուլային էվոլյուցիոն գենետիկական վերլուծություն հաշվողական հարթակներում: Մոլ Բիոլ Էվոլ. 2018, 35, 1547-1549թթ. [CrossRef]